சிறிய காஞ்சிபுரம் என அழைக்கப்படும் விஷ்ணு காஞ்சியில் இந்த கோயில் அமைந்துள்ளது. ஹஸ்திகிரி என அழைக்கப்படும் ஒரு சிறிய குன்றின் மேல் இந்த கோயிலின் மூலஸ்தானம் அமைந்துள்ளது.

ஒரு சமயம் பிரம்மா இங்கு ஒரு பெரிய யாகம் செய்ததாக சொல்லப்படுகிறது. பூர்ணாஹ§தி நடக்கும் சமயத்தில் எல்லா தேவதைகளும் அங்கு குழுமியிருக்கும் போது யாக குண்டத்திலிருந்து மஹாவிஷ்ணு தோன்றினார். தேவர்கள் யாவரும் அவரை பக்தர்கட்கு அருள்பாலிக்க அவர் அங்கேயே தங்கி இருக்க வேண்டும் என்று வேண்டினர். அவரும் அதனை உடனே ஏற்று ஹஸ்தகிரியை தனது வாசஸ்தலமாக அமைத்துக் கொண்டார். வரம் அளிப்பதில் மன்னன் என்று அவரை யாவரும் போற்றுகின்றனர். அதனால் வரதராஜன் எனப் பெயர். ஆனந்த புஷ்கரிணி (புனித குளம்) அருகில் புண்யகோடி விமானத்தில் வரதராஜர் எழுந்தருளியுள்ளார்.

விசிஷ்டாத்வைத சித்தாந்தத்தை உருவாக்கிய ராமானுஜர் தன் இளமைக் காலத்தில் இங்கு படித்தார். விஜய நகர மன்னனாகிய கிருஷ்ண தேவராயர் ஆற்றிய மகத்தான தொண்டு, லக்ஷ்மி குமார தாதாச்சாரியார் ஆற்றிய தொண்டு (இது இன்றும் தாதாசார்ய குடும்பத்தினரால் தொடர்ந்து நடத்தப்பட்டு வருகிறது) , பெருந்தேவி தாயாரின் சந்நிதி, 108 வைஷ்ணவ திவ்ய தேசங்களின் வண்ண ஒவியங்கள், சிற்ப வேலைப்பாடுகள் மிகுந்து 100 கால் மண்டபம் யாவும் பக்தர்களின் கவனத்தை ஈர்க்கின்றன. ஹஸ்திகிரி நாதரின் சேவையில் ஈடுபட்டிருந்த வேத விற்பன்னர்கட்கு வீடுகட்டித் தருவதற்காக விஜயநகர அரச பரம்பரையில் வந்த அரசர் அச்யுதராயர் தன் எடைக்கு எடை தங்கத்தால் துலாபாரம் செய்து அதனை அளித்துள்ளான் என குறிக்கப்பட்டுள்ளது.

இந்தியா முழுவதிலும் தரிசிக்கப்பட வேண்டிய கோயில்களின் பட்டியலில் இந்த கோயிலும் இடம் பெற்றுள்ளது. கருட வாகனத்தில் வரதராஜர் எழுந்தருளி iF உலாவரும் கருட சேவை தமிழ் மாதமான வைகாசி மாதத்தில் (மே-ஜூன்) கொண்டாடப்படுகிறது. இது மிகவும் பிரசித்தமானது மட்டுமின்றி மிகவும் வண்ணமிக்க விழாவும் ஆகும்.

இந்த கோயில் குளத்தில் அத்தி மரத்தாலான வரதராஜஸ்வாமியின் விக்ரகம் அமிழ்ந்துள்ளது. 40 ஆண்டுகட்கு ஒரு முறை இந்த விக்ரகம் வெளியில் எடுக்கப்பட்டு மக்களின் தரிசனத்திற்காக 10 நாட்கள் வைக்கப்படுகிறது. இந்த 10 தினங்களும் சிறப்புப் பூஜைகள் செய்யப்படுகின்றன.