திருவனந்தபுரத்திற்கு வடக்கே கேரளத்தில் வர்கலை ஒரு சிறிய நகரம். அவர்கள் செய்த தவறுக்காக பிரஜாபதிகள் பிரம்மாவினால் மனிதர்களாக பிறக்குமாறு சபிக்கப் பட்டனர். நாராயணனை வணங்கி வழிபட்டு பல கஷ்டங்களை அனுபவித்து பின் தன் சுயநிலை அடைய வேண்டி இருந்தது. ஆகையால் பிரம்மா இந்த தலத்தில் ஸ்ரீ தேவி பூதேவியுடன் ஜனார்த்தனரை பிரதிஷ்டை செய்தார். தனது மர உறியை தூக்கி எறிந்து இந்த இடத்தை நாரத முனிவர் கண்டுபிடித்ததால் இந்த இடத்திற்கு வர்கலை எனப்பெயர் ஏற்பட்டது. வர்க்கலம் எனில் மரஉரி எனப் பொருள். கடற்கரைக்கு அருகில் ஒரு உயர்ந்த இடத்தில இந்த கோயில் நிர்மாணம் செய்யப்பட்டுள்ளது. மிகவும் பெரிதான மஹாவிஷ்ணுவிற்கென அமைந்துள்ள பெரிய கோயில்.